畜禽粪便含有丰富的植物营养物质，而且在改善土壤理化性状、培肥土壤方面具有化肥所不能代替的作用，但未经过处理的粪便含有恶臭成分、有害微生物和大量污染物（包括硫化氢、醇类、酚类、醛类、氨、酰胺类），如果流进江河湖泊，会使水质污浊，散发恶臭，并且造成水体富营养化，威胁鱼类和贝类的生存。
农业用水如受到畜禽粪便的污染，过量的氨及其他营养物质会引起水稻徒长、倒伏，危害很大。由于地面的渗漏作用，还会造成地下水污染。
此外，畜禽粪便中还含有大量的病原菌，极易传播疾病。细菌和有海气体随风扩散，使污染范围扩大。粪便聚集地区，易于蚊蝇等昆虫孳生，严重影响周围地区的环境。
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